今回いただいた質問者様の実際の歯の内部をみたり、レントゲンを見た訳ではありませんので、あくまで想像ですが、１つの原因として考えられるのが、「細菌」による痛みです。

根管治療を行った歯の内部には、必ず細菌が残留します。
また、細菌の種類も様々あり、痛みを伴う細菌もあれば、痛みを伴わない細菌も存在します。
ですので、今回質問を下さった方の歯の内部には、痛みを伴う細菌がいたのかもしれません。
 
また、同じ患者様でも１つずつの歯によって細菌が異なることも多いので、右下と左下とで細菌の種類が異なれば、痛みの有無も変わってくることがあります。

根管治療で大切なことは、「最初の治療」をいかに丁寧に精密に治療していくかということです。
根管治療を行っているところに、唾液からの細菌が侵入すれば、せっかく根管治療を行っても再発率はぐーんと高まります。
 
また、根管内部は細く複雑で、肉眼ではどうしても治療しきれない部分があります。
そこで、マイクロスコープやCBCTを使用することにより精密に治療を行うことができます。
ただし、機材が揃っていたとしても、医師の診断と技術力がなければ、精密に治療を行うことができません。

根管治療専門医による治療を受けられ、唾液からの感染を阻止するなどを行うことで、再発のリスクを下げることが可能です。
根管治療を繰り返し行えば行うほど、治療の成功率も低くなっていきます。
根管治療が必要な方は、まず根管治療専門医へ相談されることをお勧めいたします。

今回は、「何度治療をしても痛みが残る原因は？」について、３つのポイントを解説しました。
１つ目のポイントは、「根管治療を行った歯には細菌が存在する」ということと、
２つ目のポイントは、「根管治療は「最初の治療」が大切」ということについて
 
一度根管治療を行った歯の内部には細菌が存在しますし、細菌の種類によっても痛みの有無は異なります。
できる限り再発を低くするために、根管治療専門医に相談し、治療が必要な場合はそういった専門医の元で治療を受けていただくことをお勧めいたします。