感染根管治療、再根管治療を難しくする要因の1つに、「本来の根管形態から逸脱した器械的拡大による根管内部の損傷」が、あります。
これを、トランスポーテーションと呼びます。
根管壁にレッジという段差を作ってしまうと「ファイルがそこから先に到達しない」というトラブルにつながります。
それにより、細菌感染した残存歯髄や汚物、起炎性の因子などの器械的除去が難しくなります。
さらに、根尖孔部までステンレスファイルで形成をしてしまうと、根尖孔周辺の過剰切削によって欠損ができたり、ジップができたりします。

また、無理に穿通させようとすると、アピカルパーフォレーションレーションを生じます。
一般的に、ステンレスファイルでは、#25以上でトランスポーテーションを起こしやすくなります。